南通市肿瘤医院始建于1972年，是国内创建最早、规模最大的地市级肿瘤专科医院，现有职工数和床位数超过全国多数省级肿瘤医院。全院1000余名职工中，有专业技术人员649名，其中高级专业技术人员146名，中级专业技术人员301名。
医院集医、教、研于一体，系南通大学附属肿瘤医院、苏州大学教学医院、南京医科大学教学医院，也是卫生部认定的 “ 全国百万妇女乳腺病普查工程 ” 定点医院之一。 院内附设有南通市肿瘤研究所、南通市肿瘤放疗中心、南通市肿瘤化疗中心、南通市病理诊断中心。病理科为南通市医学重点学科，内科、放疗科为南通市临床重点科室，麻醉科为徐州医学院麻醉学硕士研究生培训点。
医院对各种肿瘤的诊治在省内处于领先水平，在国内具有一定的影响。全国有25个省（市）的肿瘤患者慕名前来就诊，其中主要诊疗对象是江苏的苏中苏北地区和苏南的张家港、常熟等地。建院30余年来，先后已有３00多万名患者来院就诊，收治各类肿瘤病人20余万人次。
医院全面拥有手术、放疗、化疗（含介入治疗）、生物治疗、中西医结合治疗等综合治疗手段。拥有国内一流的洁净手术室、百级层流病房，拥有各类肿瘤诊疗设备1300余台（套），如X-刀、伽玛刀、直线加速器、东芝模拟机、螺旋CT、数字胃肠机、全自动生化分析仪、彩色多普勒、全能麻醉机 、超声波碎石机、卫生部配备的肿瘤专用健康体检车 等。
医院由南院和北院两个部分组成。北院位于通州市平潮镇，占地44615m 2 ，建筑面积45774m 2 ，开放床位700张，年住院病人8000余人次。南院位于南通市 中心 ，是刚兼并的一所二级综合医院，占地19415m 2 ，规划建筑面积50000 m 2 ，床位800张，基本建设和设备拟投入２亿元人民币。
全新的南通市肿瘤医院的发展定位是地处上海北翼的具有肿瘤专科特色的现代化医院，床位1200张，预计用3-5年时间建成。
